Em outubro de 2020, o primeiro caso de síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2), variante delta (VOC) preocupante foi identificado na Índia. Em julho de 2021, a variante Delta era a linhagem SARS-CoV-2 mais representada no perfil pandêmico da doença coronavírus global 2019 (COVID-19).

O Brasil relatou seu primeiro caso de COVID-19 no final de fevereiro de 2020 e a variante Delta foi identificada em abril de 2021 na região Sul, que posteriormente se espalhou para diferentes regiões do Brasil. Dado que estudos anteriores da variante Delta no Brasil se concentraram no Rio de Janeiro e em São Paulo, que são os estados mais populosos do país, as informações sobre a dinâmica de propagação da variante Delta em outros estados brasileiros são inadequadas.

Estude: Aparecimento e disseminação da variante SARS-CoV-2 do delta de interesse em diferentes regiões brasileiras. Crédito de imagem: 3dartistav / Shutterstock.com

Sobre o estudo

Em um estudo de pré-impressão publicado no medRxiv * servidor de pré-impressão, os pesquisadores brasileiros tiveram como objetivo determinar o surgimento e a disseminação do Delta VOC em diferentes regiões do Brasil. Dados relacionados aos genomas VOC Delta da rede de vigilância genômica COVID-19 da Fiocruz foram utilizados para analisar seu perfil filogenético e determinar suas principais rotas de disseminação em 20 estados brasileiros.

Uma combinação de métodos de máxima verossimilhança (ML) e Bayesianos foi envolvida para analisar o perfil filogenético de 2.264 sequências Delta brasileiras e um subconjunto de 591 sequências não brasileiras.

Divulgação dos principais clusters VOC Delta em diferentes regiões do Brasil

O presente estudo identificou três grupos principais de transmissão, que foram identificados como Brasileiro-I (BR-I) (n = 1.560), BR-II (n = 207) e BR-III (n = 497) da variante Delta no Brasil . devido a eventos do fundador. A BR-I foi o maior grupo da variante Delta encontrada no sudeste do estado do Rio de Janeiro no final de abril de 2021 e foi identificada como a principal responsável pela disseminação da variante Delta nas regiões norte, nordeste e centro-oeste. . regiões do Brasil. O grupo BR-I também foi encontrado em duas regiões do Sul, a saber, Rio Grande do Sul e Santa Catarina.

A BR-II foi identificada no estado do Paraná no final de abril de 2021 e é conhecida por ser o principal centro de expansão da variante Delta no sul do Brasil. O sequenciamento genômico BR-II encontrou três genes ORF1a: A3070V, S: T95I e ORFa: A23V, entre os quais ORF3a: A23V foi encontrado para ser significativamente diferente de outros grupos brasileiros importantes e sequências estrangeiras.

A mutação em ORF3a: A23V é um marcador distinto encontrado em todas as sequências dentro do grupo BR-II e atua como uma sinapomorfia molecular. Este gene é um transportador de íons de 275 aminoácidos que, após a regulação positiva, aumenta a secreção de fibrinogênio que está ligada à tempestade de citocinas COVID-19.

BR-III é o grupo emergente mais recentemente entre os três grupos Delta encontrados no Brasil e foi encontrado no estado de São Paulo no início de junho de 2021. A disseminação do grupo BR-III em outros estados foi limitada e, portanto, foi principalmente limitada ao estado de São Paulo. Os genomas BR-III mostraram uma sinapomorfia molecular, ORF9b: R32L, que está localizada na membrana mitocondrial e inibe a secreção de interferon-1 (IFN-1).

A maioria das sequências Delta amostradas nas regiões sudeste e sul foram subdivididas dentro dos conglomerados brasileiros. A região norte apresentou o nível mais baixo de agrupamento entre as amostras de quatro a seis regiões e foi a menos representada no conjunto de dados nacional do Delta.

O Amazonas possuía o maior cluster do Delta e era o estado mais representado na região Norte. A região Nordeste do Brasil abrigou amostras de oito estados, nos quais a Paraíba detinha o maior agrupamento do Delta, seguida pelo Ceará e Pernambuco. O nível de aglomeração observado nas regiões Norte e Nordeste foi semelhante a 36%, apesar de um maior número de sequências no Nordeste em relação à região Norte.

Conclusões e limitações

Os resultados do estudo retrataram diferentes estágios de maturidade na epidemia de Delta no Brasil. Os grupos BR-I, BR-II e BR-III contribuem para a maioria das sequências Delta. Portanto, a supressão dos clusters de transmissão na fase inicial indica a eficácia das medidas preventivas implementadas no Brasil para prevenir a transmissão viral.

O presente estudo foi limitado pela falta de metadados mais robustos e amostragem inadequada em alguns estados brasileiros. Variantes delta também são suscetíveis a vacinas; portanto, as informações sobre a situação vacinal poderiam ter fornecido clareza sobre os potenciais fatores responsáveis ​​pelo desenvolvimento dos clusters locais no Brasil.

Estudos mais rigorosos devem ser conduzidos para determinar a rota de disseminação e a identificação de novos agrupamentos e fatores que afetam a supressão em um estágio inicial. Isso poderia ajudar a identificar e mitigar a introdução de novas variantes e limitar ainda mais sua propagação para evitar surtos maiores no futuro.

*Notícias importantes

medRxiv publica relatórios científicos preliminares que não são revisados ​​por pares e, portanto, não devem ser considerados conclusivos, orientar a prática clínica / comportamento relacionado à saúde ou ser tratados como informações estabelecidas.